Posledica neadekvatnog sakupljanja lekovitog bilja, nepotpunog čišćenja i nedovoljnog sušenja, ako i nepovoljnih uslova tokom transporta i skladištenja lekovitog bilja je prisustvo štetnih mikroorganizama.
Problemi skladištenja lekovitog bilja slični su kao i kod drugih poljoprivrednih kultura, a bitna razlika je u roku trajanja biološki vrednih sastojaka lekovitog bilja iz razloga što je njihova upotreba ograničena do nekih 18 meseci. Ovaj podatak je značajan zbog primjene hemijskih mera u zaštiti ljekovitog bilja od štetnih organizama zbog karence.
Skladištenje lekovitog bilja je značajna faza u njegovoj preradi i postoje 2 načina skladištenja: kratkotrajno i dugotrajno skladištenje.
Kratkotrajno skladištenje odnosi se na transport biljaka i traje od nekoliko sati do jednog ili dva dana i tada kao problem može javiti mehaničko oštećenje kao i oštećenja od pregrevanja. Najznačajnije metode koje se koriste u cilju pravilnog kratkotrajnog skladištenja su većina fizičkih, hemijskih i bioloških metoda koje se inače primjenjuju i prilikom čuvanja hrane
Dugotrajno skladištenje se održava kvalitetu proizvoda i tada najznačajniju ulogu imaju skladišni prostori koje moraju ispuniti određene uslove. U skladištima lekovitog bilja prisutne su različite vrste štetnih organizama i prisustvo bilo koje vrste štetnih organizama zahteva niz mera. Ako se redovno ne sprovode zaštitne mere, za kratko vreme dolazi do prenamnožavanja štetnih organizama.
Za zaštitu od patogena mogu koristiti visoka i niska temperatura, niska relativna vlažnost, jonizirajuće zračenje i određene prepreke za štetočine.
Ove metode često nisu dovoljne i zato posle sledi sveobuhvatna zaštita koja se sprovodi tokom cele godine i podrazumeva upotrebu pesticida uz strogu kontrolu njihove primene. Nakon ovog tretmana, bilje se skladišti u magacinima gde se čuva do momenta prebacivanja u proizvodne pogone, a zatim u magacine gotovih proizvoda gde se sprovodi vlažna dezinsekcija jednom mesečno ili prema potrebi.
Mera vlažne dezinsekcije je bezopasna, jer se ne tretira sama roba. Prisustvo štetočina u skladištima doprinosi promeni temperature i vlage uskladištenih proizvoda što dovodi do razvoja gljivica i to najčešće onih koje stvaraju mikotoksine.
Suzbijanje štetočina u skladištima neposredno rešava problem mikotoksina. Nekoliko hemikalija je već u upotrebi dok se za neki ispituju. Najčešće korištene hemikalije su hlor i hlor dioksid.Vodonik peroksid je uspešan u eliminaciji bakterija sa opreme za preradu biljnog materijala. Lekovito bilje i njegovi proizvodi moraju biti zdravstveno ispravni da bi se kasnije primenile hemijske mere u sklopu sveobuhvatne zaštite ako je to nužno.
